【同仁堂】安宮牛黃丸選用天然優質牛黃。 其色澤棕色偏黃，斷面分明，質地鬆脆，配以極品麝香「當門子」，其內藏麝香仁，呈顆粒狀。 天然牛黃有清熱解毒、鎮驚開竅功效；而天然麝香則具開竅醒神之效。 國家食品藥品監督管理局對使用天然麝香製藥作出了嚴格規定。 北京同仁堂是由國家特批許可使用天然麝香、天然牛黃的生產企業。

北京同仁堂一直注重用藥道地，採藥適時。【同仁堂】安宮牛黃丸所用的黃連，乃精選「黃連之鄉」（重慶市石柱） 所產生長五年以上的道地「雞爪味連」，其枝粗壯、質堅實、斷面呈鮮紅黃色。製藥前，需人手除泥、去雜，刮去鬚根，工序雖繁且耗廢高，全為確保用藥品質。黃連能清熱燥濕，瀉火解毒。

嚴選江西所產道地紅梔子，取皮薄、飽滿呈紅黃色的，為成熟度最佳的藥材。平常每一百公斤只能篩選出約五公斤的上乘佳品，能符合同仁堂對優質紅梔子的質量要求。梔子具瀉火除煩，涼血解毒的功效。

取用天然上品藥用珍珠，經人手逐顆挑選，以形狀渾圓、表面彩光度高為優質，再用傳統道地加工手法，伴豆腐蒸煮長達三小時，去除黑點雜質、腥味和油份，最後磨成粉末入藥，足見細工炮製。珍珠有鎮驚安神、養陰熄風的功效。

選用優質黃芩，生長於山頂、山坡、林緣、路旁等向陽較乾燥的地方。黃苓性味苦寒， 有清熱燥濕，瀉火解毒，涼血止血之效。而且，黃芩裡含黃芩素，漢黃芩素等成分，具有抗菌、降血脂等功效。